Năm 1906, sau khi trở về nước lần thứ hai, rồi trở lại Nhật Bản, trong nhận thức của Phan Bội Châu đã có nhiều đổi khác. Theo PSG. Chương Thâu thì nếu trước đó, Phan Bội Châu chỉ chú trọng vào việc cầu viện Nhật để về đánh đuổi Pháp; thì nay, ông đã chuyển hướng, vừa phải lo củng cố cơ sở Duy Tân hội ở trong nước, vừa phải gấp chọn thanh niên du học, đồng thời vẫn tiếp tục thức tỉnh nhân dân bằng những tác phẩm thơ văn tuyên truyền yêu nước. Trong tập Ngục trung thư (tập tự truyện đầu tiên của mình) ông viết:

...Bởi vậy, một mặt tôi cổ võ thanh niên du học, một mặt muốn mở mang tư tưởng ái quốc cho toàn dân, tôi bèn viết Tân Việt Nam, Kỷ niệm lục và Việt Nam quốc sử khảo...Mấy tập sách này, lời lẽ thống thiết lâm ly, chỉ có chủ ý là trông mong quốc dân ta lấy Chiêm Thành, Chân Lạp làm dấu xe nên tránh, và rán theo chân nối gót Trưng vương, Lê hoàng mà phát phấn hăng hái, tìm lấy sự sống ở trong lúc chủng tộc chưa tiêu, tính mạng chưa tuyệt này, bằng không thì trễ mất!...